15 marca 1990 roku bp Edward Kisiel, Administrator Apostolski Archidiecezji w Białymstoku wydał dekret podziału parafii św. Rodziny na dwie oddzielne parafie. Granicą tych parafii była linia kolejowa relacji Białystok - Zubki. Dekret spowodował powstanie parafii pw. Św. Rodziny z siedzibą przy kaplicy pod tym samym wezwaniem oraz parafii pw. Miłosierdzia Bożego z siedzibą przy budującym kościele pod tym wezwaniem. Proboszczem nowopowstałej parafii w dniu 25 czerwca roku 1990 został ks. Zbigniew St. Krupski. Niestety stan techniczny kaplicy Świętej Rodziny uległ znacznemu pogorszeniu więc ksiądz Krupski starał się o zgodę na budowę kościoła parafialnego na placu znajdującym się za kaplicą. Tejże zgody nie dostał.
W sierpniu 1982 roku Parafia rzymskokatolicka pw. Św. Rodziny wystosowała do Urzędu Miejskiego pismo o pozwolenie na budowę kościoła na Białostoczku. Kamień węgielny pod budowę kościoła został wmurowany w roku 1985, konsekracja nastąpiła 30 września 2007, dokonał jej abp Edward Ozorowski.
28 września 2008 roku Prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych abp Angelo Amato podczas mszy świętej sprawowanej w parafii odczytał list Ojca Świętego Benedykta XVI ogłaszający Sługę Bożego księdza Michała Sopoćko błogosławionym Kościoła Katolickiego.