Pomimo aktywności wielu chemioterapeutyków in vitro, aktywność wobec drobnoustroju w organizmie zachowuje tylko kilka z nich. Lekiem pierwszego rzutu jest skuteczny wobec beztlenowców metronidazol, podawany doustnie. Normalnie wchłania się on w górnym odcinku przewodu pokarmowego, jednak w przypadku rzekomobłoniastego zapalenia jelit stężenie w kale wystarcza do zniszczenia bakterii. Możliwe jest podawanie leku drogą parenteralną (pozajelitowo), przy czym nie wiadomo czy zwiększa to sukces terapeutyczny. Szczepy oporne wyizolowano już we Francji.
W przypadku niepowodzenia, należy podać doustnie glikopeptydy (wankomycyna lub teikoplanina). Wyizolowano szczepy średnio wrażliwe na te antybiotyki, jednak nie jest to prawdopodobnie przyczyna braku skuteczności leczenia. Nawet szczepy C. difficile średnio wrażliwe mają około 200 razy mniejsze minimalne stężenie hamujące od stężenia glikopeptydu.
Aktywność zachowuje także ryfampicyna, ale ze względu na szybkie narastanie oporności odradzane jest używanie tego leku. W leczeniu można zastosować także bacytracynę oraz kwas fusydowy.
Nawrót choroby po pierwszym leczeniu występuje u około 20% chorych, po drugim leczeniu u około 40%.