Do cyborium z epoki paleochrześcijańskiej zostały dodane dwa ozdobne szczyty z tympanonem ze stiukami z X w., które jeszcze dziś są dobrze zachowane. Pod cyborium został umieszczony Ołtarz Świętego Ambrożego, arcydzieło złotnictwa epoki karolińskiej, w złocie, zdobiony srebrem, kamieniami szlachetnymi i emalią. Jest to znak obecności relikwii świętych, które są umieszczone pod ołtarzem i widoczne przez okienko znajdujące się z tyłu.
Bazylika przybrała ostateczny wygląd w latach 1088–1099, kiedy to na polecenia biskupa Anzelma została przebudowana według kanonów architektury romańskiej. Podtrzymany został plan trójnawowy (bez transeptu) z trzema absydami.
Architektura thumb|Wnętrze – nawa Materiał, z jakiego bazylika została zbudowana stanowiły pierwotnie różnokolorowe cegły, kamień i biały tynk. Był to budulec ubogi miejscowego pochodzenia. Służył on również do wznoszenia budynków w okolicznych miejscowościach. Brak wykorzystania cennych materiałów wschodnich należy przypisać duchowi czasu, w którym ludzie nie postrzegają już materii jako przeciwieństwa ducha, ale raczej jako wyraz ludzkiej pracy. W porównaniu do wersji pierwotnej, obecna bazylika zbudowana jest na identycznym planie: trzy nawy z absydami poprzedzone czworokątnym dziedzińcem, otoczonym krużgankami.