Na przełomie XIV i XV w. wojska Timura najechały kraj siejąc zniszczenie. Inwazja ta miała ogromny wpływ na życie w Garedżi.
W 1615 wojska perskie pod dowództwem Abbasa I Wielkiego wybiły zakonników oraz podpaliły unikalne manuskrypty i dzieła sztuki.
Pod koniec XVII w. król Teimuraz oraz król Arczil próbowali ożywić mnisze życie w Garedża. Udało się to osiągnąć jedynie dzięki pomocy Onopre Maczutadze, wyznaczonego na ojca przełożonego kompleksu w 1690. Jednak częste ataki najeźdźców oraz powstanie nowych religii i świeckich szkół w XIX w. w wielu gruzińskich miastach, znacznie utrudniło rozwój kompleksu Dawit Garedża. Od 1811 do 1917 monastyr był niezamieszkany oraz pozostał pusty od 1921 do 1991. W sierpniu 2007 w monasterze przebywało 9 mnichów.
Co roku na terenie kompleksu organizowany jest festiwal ludowy „Garedżoba” gromadzący sporą publiczność.
W 2007 roku kompleks został wpisany na gruzińską listę informacyjną UNESCO – listę obiektów, które Gruzja zamierza rozpatrzyć do zgłoszenia do wpisu na listę światowego dziedzictwa UNESCO.