W 1500 roku oddano do użytku most drewniany.
19 lutego 1473 roku w Toruniu urodził się Mikołaj Kopernik, astronom, matematyk, lekarz, prawnik, ekonomista, autor teorii heliocentrycznej, jeden z XVI-wiecznych prekursorów nauki nowożytnej. Studiował na Akademii Krakowskiej, Uniwersytecie Bolońskim i Padewskim. W latach 1515–1530 tworzył De revolutionibus orbium coelestium. Swoje dzieło wydał w 1543 roku. Ponadto w latach 1523–1526 zaprezentował projekt reformy monetarnej Monetae cudendae ratio. 24 maja 1543 zmarł we Fromborku.
W sierpniu 1528 roku w Toruniu pracę rozpoczęła mennica królewska. W pierwszej połowie XVI w. rozpowszechniła się w Toruniu reformacja. Na przestrzeni lat Toruń stał się jednym z ważniejszych ośrodków protestantyzmu w Rzeczypospolitej. W 1568 nastąpiło otwarcie Gimnazjum Toruńskiego, a w 1598 roku uroczyste podniesienie go do rangi Gimnazjum Akademickiego. W 1595 roku z inicjatywy burmistrza Heinricha Strobanda rozpoczęto starania o założenie w Toruniu wyższej szkoły protestanckiej (być może uniwersytetu) dla protestantów. W pierwszej połowie XVII w. Toruń był jednym z największych i najbogatszych miast Rzeczypospolitej Obojga Narodów, zamieszkiwało, w zależności od szacunków, od ok.