Przełożony Generalny Zasługą Roothaana jest utrzymanie i wzrost duchowy Towarzystwa. Temu poświęcił 9 z 11 oficjalnych listów do Towarzystwa. W pierwszym wydanym zaraz po objęciu urzędu zawarł w tytule program: De amore Societatis et Instituti nostri (1830). By to osiągnąć sam zaangażował się w nową edycję Ćwiczeń duchownych św. Ignacego, uzupełniają je o wstęp i noty wyjaśniające. W 1832 wydał nowe Ratio Studiorum będące efektem pracy specjalnej komisji pracującej w Rzymie (1830–1831). Czas jednak nie był najlepszy na reformę szkolnictwa. Choć tekst odwoływał się do tradycji, to nowości były z założenia podejrzane o liberalizm. Roothaan wzmocnił aktywność apostolską zakonu. W liście De missionum exterarum desiderio (1833) wezwał ochotników na misje zagraniczne. Na koniec jego rządów (1853) było 1014. jezuitów na misjach w Ameryce, Afryce i Azji. Tradycyjne posługi, tj. kaznodziejstwo, misje ludowe, również zyskały poparcie. Gdy w 1837 wybuchła w Rzymie epidemia cholery, posłał jezuitów, aby zorganizowali pomoc cierpiącym. Na polu intelektualnym: wznowiono badania historyczne (Bollandyści), zaczęło wychodzić pismo „La Civiltà Cattolica”, powróciły spory wokół poglądów jezuitów, np.