W grudniu 2012 pociągi relacji Kraków Główny – Oświęcim zostały zawieszone do odwołania, a co za tym idzie odcinek Skawina – Oświęcim został pozbawiony połączeń osobowych. 14 grudnia 2015 ruch pasażerski na całej długości trasy został przywrócony, jednak po roku kursowania pociągów Kraków – Skawina – Oświęcim w grudniu 2016 roku zostały one znów zawieszone. Ruch pasażerski w kierunku Oświęcimia przywrócono 1 października 2022 roku. Ze względu na prowadzone prace modernizacyjne pociągi kończą bieg w Przeciszowie.
W listopadzie 2015 PKP PLK ogłosiły przetarg na budowę nowego przystanku kolejowego Kraków Sanktuarium. Przystanek jest zlokalizowany na wysokości Parku Handlowego Zakopianka, a szacowany koszt jego budowy miał wynieść około 28 mln zł. Przystanek został otwarty 24 lipca 2016 r.
26 czerwca 2017 PKP PLK podpisały umowę na remont linii na odcinku Kraków Płaszów – Podbory Skawińskie wraz z budową 2 nowych przystanków: Kraków Opatkowice i Skawina Jagielnia.