Od Krakowa Batowic linia biegnie w kierunku południowo-wschodnim, gdzie na posterunku odgałęźnym Dłubnia styka się z linią kolejową Raciborowice – Dłubnia. Potem linia prowadzi równolegle do linii kolejowej Kraków Nowa Huta NHB – Kraków Krzesławice, przez przystanek Kraków Lubocza, do stacji Kraków Nowa Huta. Za stacją odgałęziają się linia kolejowa Kraków Nowa Huta NHA – Kraków Nowa Huta NHC oraz linia kolejowa Kraków Nowa Huta NHA – Kraków Nowa Huta NHD wchodzące w skład pętli nawrotowej dla stacji. za pętlą linia kieruje się na południe przez posterunek odgałęźny Kościelniki, gdzie styka się z linią kolejową Kraków Nowa Huta NHE – Kościelniki T1001 oraz linią kolejową Kościelniki – Kraków Nowa Huta NHB T1002.
Linia przechodzi nad Wisłą w okolicach Przylasku Rusieckiego. Zaraz za mostem zlokalizowany był przystanek Podgrabie Wisła. Dalej zaplanowane jest zbudowanie posterunku odgałęźnego oraz nowej linii kolejowej (linia kolejowa Podg Podłęże R301 – Balachówka) prowadzącej do linii kolejowej Podg Podłęże R401 – Tymbark, która ma usprawnić połączenie z Zakopanem oraz Krynicą-Zdrojem. Następnie linia przechodzi przez dawny posterunek odgałęźny Podgrabie Wisła (obecnie sterowanie rozjazdów jest prowadzone z Podłęża), gdzie odgałęzia się linia kolejowa Podłęże R201 – Podłęże R101.