Bielmo nieobecne.
Systematyka Rośliny tu zaliczane były w przeszłości różnie klasyfikowane – od łączenia w jedną rodzinę z rozmaitymi rodzajami roślin wodnych (takimi jak: jezierza Najas, posydonia Posidonia, rupia Ruppia, Halodule) po wąskie ujmowanie rodziny, w którym włączano tu tylko rdestnicę Potamogeton i rdestniczkę Groenlandia. Rośliny o silnie zredukowanej budowie organów wegetatywnych i kwiatów (zamętnica Zannichellia, Althenia i Pseudalthenia) były w wielu systemach klasyfikacyjnych wyłączane w osobną rodzinę, m.in. w systemie Cronquista z 1981, w systemie Kubitzkiego z 1998, systemie Reveala z lat 1994–1999, systemie Takhtajana z 2009.
W systemach APG z początków XXI wieku rdestnicowate obejmują rdestnicę i zamętnicę wraz z rodzajami z nią spokrewnionymi. Wszystkie współczesne gatunki rdestnic miały ostatniego wspólnego przodka ok. 25 milionów lat temu, z kolei różnicowanie w obrębie grupy rodzajów tworzących podrodzinę Zannichellieae zaczęło się już 38 milionów lat temu. Rozdzielenie rdestnicowatych od siostrzanej rodziny zosterowatych Zosteraceae w różnych analizach datowane jest na okres ok. 47 milionów lat temu do ok. 100 milionów lat temu.