Z zarzutów został oczyszczony i uniewinniony.

Pod koniec 1801 wrócił do Polski. Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego, korzystając z poparcia brata Józefa, ale będąc również zdolnym organizatorem, został 22 stycznia 1807 dyrektorem generalnym Dyrekcji PocztKalendarzyk Polityczny Chronologiczny i Historyczny na rok pański 1811 z Magistraturami Kraiowemi, Warszawa 1811, s. 149. i członkiem Izby Najwyższej Wojennej i Administracji PublicznejBarbara Grochulska, Księstwo Warszawskie, Warszawa 1966, s. 52.. W tym czasie opiekował się powracającym z niewoli rosyjskiej Kołłątajem. Organizował również dla marszałka Davouta tzw. „czarny gabinet”, zbierający informacje o charakterze policyjnym i wywiadowczym.

W okresie Księstwa Warszawskiego Ignacy Zajączek razem z odgrywającym pierwszoplanową rolę bratem Józefem, należał do post-jakobińskiej opozycji, dążącej do demokratyzacji ustroju Księstwa

Zmarł w grudniu 1810 roku.

Rodzina Ignacy Zajączek ożenił się z Elżbietą z Glazerów (Glasserów, zm. 25 kwietnia 1836), córką Fryderyka i Anny z domu Strasser;