Działania wojenne W kampanii wrześniowej 209 pułk nie wystąpił w planowanym składzie. Pozostałe pododdziały weszły w skład wielkich jednostek i zgrupowań taktycznych podległych dowódcy Armii „Pomorze”: Zgrupowanie „Chojnice” (81 i 85), Oddział Wydzielony „Kościerzyna” (84). Tylko batalion piechoty nr 82 wszedł w skład 209 pp (rez.).

Dowództwo 209 pp z pododdziałami specjalnymi sformowane zostało w dniach 24–25 sierpnia 1939 roku. Dowódcą pułku został podpułkownik Józef Popek. Jednostka weszła w skład Armii „Pomorze”. Generał dywizji Władysław Bortnowski podporządkował dowódcy pułku II batalion 65 pułku piechoty, kompanię ON „Tczew” i 48 dywizjon artylerii lekkiej. Wszystkie pododdziały utworzyły Oddział Wydzielony „Wisła”, którego zadaniem była osłona 27 DP od wschodu i dozorowanie Wisły od Nogatu na północy do ujścia Osy do Wisły na południu. Z uwagi na rozwiązanie Korpusu Interwencyjnego i nieaktualnym zadaniem dla OW Wisła, wieczorem 1 września 1939 r. II/65 pp został przewieziony przez dwie kolumny samochodowe Armii „Pomorze” do odwodu macierzystej 16 DP w rejonie Grudziądza. Natomiast dowództwo 209 pp wraz z pododdziałami pułkowymi batalionem piechoty spec. nr 82, 48 dal i kompanią Straży Granicznej, samodzielną kompanią ON „Tczew” dozorowało zachodni brzeg Wisły. Pułk był atakowany przez lotnictwo niemieckie.