We wnętrzu kościoła w obrębie krypt odkryto szereg pochówków szkieletowych w trumnach z XVI–XVIII wieku.
W 1802 kościół św. Wacława zajęli Austriacy na magazyn wojskowy. W okresie Księstwa Warszawskiego był częściowo przebudowany (1809) i użytkowany nadal na cele magazynowe. Inne źródła podają, iż dopiero w 1809 został przekształcony w magazyn mąki przez proboszcza parafii noworadomskiejTak Luboński. Dalszej przebudowie uległ w połowie XIX wieku, kiedy został zamieniony przez władze rosyjskie na etapowe więzienie skąd wywożono zesłańców na Syberię. W latach 1922/1923 kościół był szpitalem epidemicznym, przeznaczonym dla chorych na tyfus podczas szalejącej wówczas w Radomiu epidemii tej choroby. W okresie międzywojennym (1930–1939) użytkowany był jako dom starców, następnie mieścił się w nim Oddział Psychiatryczny Szpitala Miejskiego.