Pochodzenie ze strony matki oraz spory jego ojca z cesarzem miały duży wpływ na dalsze losy przyszłego księcia. Jeszcze będąc dzieckiem został wysłany na dwór króla Filipa II, co miało stanowić formę gwarancji lojalności rodu Farnese dla Habsburgów. W latach 1556–1559 młody Aleksander towarzyszył Filipowi podczas jego pobytu w Brukseli. W 1559 r. przybył do Madrytu i stał się zaufanym rodziny królewskiej. W 1565 powrócił do Niderlandów, gdzie jego matka pełniła funkcję rządcy przez sześć lat. W tym samym roku, w wieku 20 lat, poślubił siedem lat od siebie starszą infantkę portugalską – Marię, córkę księcia Edwarda – po długich negocjacjach przedmałżeńskich. Związek ten nie należał do najszczęśliwszych, ponieważ Aleksandra interesowały głównie polowania i wyprawy wojenne. Mimo to małżeństwu urodziło się troje dzieci:
Małgorzata (1567-1643), przyszła żona księcia Mantui Wincentego I, Ranuccio (1569-1622), kolejny książę Parmy i Piacenzy, Edward (1573-1626), kardynał.
W 1571 r. Aleksander jako podkomendny Juana de Austria wziął udział w zwycięskiej bitwie z Turkami pod Lepanto. W następnym roku niechętnie powrócił do Parmy. W 1577 znowu wyjechał do Niderlandów, aby wziąć udział w tłumieniu powstania protestantów. W 1578 r.