Major League Soccer Po utworzeniu Major League Soccer Meola został przydzielony do - znanego dziś jako New York Red Bulls - MetroStars, którego barw bronił od 1996 do 1998 roku. Przed rozpoczęciem swego pierwszego sezonu gry dla MetroStars, Tony przez trzy tygodnie trenował z włoską Parmą. Ustanowił ponadto nowy rekord ligi, zachowując czyste konto w dziewięciu spotkaniach. Nagroda najlepszego golkipera MLS powędrowała jednak do Marka Dodda.
Meola opuścił MetroStars w 1999 na rzecz Kansas City Wizards, ale stracił prawie cały sezon z powodu kontuzji. Sezon 2000 był jednak dla niego wspaniały. Został wybrany bramkarzem roku i najbardziej wartościowym graczem ligi, doprowadzając Kansas do mistrzostwa. Nie puścił przy tym bramki w 16 meczach, co było kolejnym rekordem.
Tony kontynuował grę dla Wizards w sezonie 2004, lecz zmuszony został do leczenia kolejnej kontuzji. Bo Oshoniyi przejął jego pozycję w bramcę, a samemu Meoli w Kansas podziękowano. W czerwcu 2005 wrócił do MetroStars. Został również wybrany do jedenastki wszech czasów MLS. Po sezonie 2006 klub zrezygnował z jego usług. 14 sierpnia 2007 Meola podpisał kontrakt z New Jersey Ironmen, grającym na hali.
W ostatnich latach gry Meoli w MLS, kibice nadali mu pseudonim Fat Tony ("Gruby Tony") m.in.