W zachodniej Afryce sępy brunatne gniazdują w półkoloniach w wysokich drzewach rozparcelowanych wokół wsi, jednakże w Afryce południowej gniazda są już dobrze zamaskowane, a sępy gniazdują samotnie. Ich gniazda mają formę platformy z patyków umieszczonej tuż przed piętrem koron. Obydwa ptaki z pary biorą udział w budowie gniazda. Zniesienie liczy jedno jajo, które jest wysiadywane przez około 51 dni. Młode przebywają w gnieździe od 3 do 4 miesięcy. W pełni opierzone młode przez kolejne pół roku nadal są jeszcze zależne od rodziców.
Status i zagrożenia W latach 2004–2009 IUCN uznawała sępa brunatnego za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern), w latach 2011 i 2012 uznano go za zagrożonego (EN, Endangered), zaś w 2015 zmieniono klasyfikację na krytycznie zagrożonego wyginięciem (CR, Critically Endangered). W 2011 szacowano, że światowa populacja liczy nie więcej niż 197 tysięcy osobników, czyli około 131 tysięcy osobników dorosłych.