W latach okupacji Koniński opracował spójną wizję sprawiedliwego ustroju, określoną mianem socjalizmu chrześcijańskiego. Twierdził, że jedynym humanistycznym i moralnym rozwiązaniem, zdolnym przeciwdziałać materialistycznemu socjalizmowi i klasowej walce, jest religijna forma socjalizmu oparta na zasadzie: Bóg jest Miłością i Światłem. W jego przekonaniu po wojnie konieczne będzie wprowadzenie sprawiedliwości redystrybucyjnej przez państwo – tak aby „nikt za dużo, nikt za mało” nie posiadał, a nierówności społeczne zostały złagodzone interwencją władzy ekonomicznej.
Pozostawił po sobie intymny pamiętnik o charakterze religijnym. Po wojnie ukazał się on w dwóch tomach: Nox atra i Ex labyrintho. Zapiski te stanowią przykład interesujących wyznań na temat sensu istnienia wiary chrześcijańskiej w obliczu wojennej katastrofy. Obie książki należą do najwspanialszych dokonań polskiej literatury medytacyjnej.
W czasie wojny prowadził dziennik, w którym analizował kolejne przyczyny klęski wrześniowej 1939. W notatkach tych znajduje się także wiele spostrzeżeń o charakterze metafizycznym.
Był także cenionym badaczem kultury ludowej. W 1938 wydał fundamentalną antologię Pisarze ludowi (ze wstępem Franciszka Bujaka).
Na podstawie noweli Straszny czwartek w domu pastora powstał film pt.