Po wybuchu II wojny światowej w 1939 został aresztowany w trakcie Sonderaktion Krakau i uwięziony w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen. Został zwolniony z obozu w lutym 1940. Po powrocie do Krakowa współorganizował tajny Wydział Lekarski UJ. Z polecenia władz tajnego Uniwersytetu objął funkcję kierownika Oddziału Chemicznego Instytutu Medycyny Sądowej i Kryminalistyki. Dr Robel prowadził także wykłady na Wydziałach: Lekarskim i Rolniczym. Jako oficer AK działał w ramach „Grupy Oświęcim”, zakonspirowanego pododdziału AK wyznaczonego do kontaktów z obozem w Oświęcimiu. Od maja 1943 prowadził badania dowodów rzeczowych zbrodni katyńskiej przywiezionych do Krakowa przez Niemców. Protokół jego badań, a właściwie zachowana przez doktora kopia, tzw. Archiwum Robla – oryginał zaginął w czasie wojny – stanowi jeden z istotnych dowodów potwierdzających udział NKWD w tej zbrodniMałopolanie w katyńskich dokumentach dr. Jana RoblaAkta katyńskie doktora Robla. Powstanie i losy tzw. Archiwum Robla oraz sylwetka jego twórcy.