Budowę Jordaan rozpoczęto w 1612. Ulice i kanały budowano według starych rowów i ścieżek. W pierwszej połowie XVII wieku zamieszkiwany był głównie przez ludzi ubogich i ciężko pracujących. Tutaj osiedlali się prześladowani we Francji hugenociW roku 1685 Ludwik XIV odwołuje gwarantujący protestantom tolerancję edykt nantejski i wielu francuskich hugenotów przybyło do Holandii.. Był jedną z najuboższych dzielnic Amsterdamu, dzisiaj Jordaan jest jedną z najdroższych dzielnic w Holandii. Awansowi dzielnicy towarzyszył masowy wyjazd ludzi pracy do bardziej odpowiadających im miast bądź dzielnic, zwłaszcza do Almere i Purmerend.
Historia dzielnicy naznaczona została zamieszkami w: 1835, 1886, 1917 i 1934 roku. W tych ostatnich zginęło siedem osób.
W XX wieku Jordaan stał się ulubioną sceną muzyczną. Szereg popularnych muzyków i śpiewaków upodobało sobie tę właśnie dzielnicę. Jednym z nich był Jan Jordaan, który teraz ma tu swój posąg przy Jordaanplein, na rogu kanałów Prinsengracht i Elandsgracht. Corocznie odbywa się Jordaanfestival, podtrzymujący muzyczną tradycję tej dzielnicy.