Woda jest niezwykle trudno dostępna, a studnie znajdują się często w odległości kilkuset kilometrów od siebie.
Część pustyni wraz z przyległymi obszarami gór Aïr objęta jest ochroną w ramach Rezerwatu Przyrody Aïr i Ténéré (fr. Réserve naturelle de l'Aïr et du Ténéré), w 1991 roku wpisanego na listę światowego dziedzictwa UNESCO, a w 1997 roku ogłoszonego rezerwatem biosfery.
Historia Region Ténéré nie zawsze był pustynią. W okresie karbonu było tu dno morza, a następnie las tropikalny. Na zachodnim krańcu dzisiejszej pustyni znajduje się cmentarzysko dinozaurów. Znaleziono tu wiele skamieniałości, wydobytych na powierzchnię ziemi siłami erozji.
W okresie wczesnej historii ludzkości były tu żyzne tereny o klimacie i środowisku o wiele bardziej sprzyjającym osiedlaniu się człowieka niż obecnie. Region ten zamieszkany był przez człowieka współczesnego już w paleolicie około 60 tys. lat temu. Żyjące tu społeczności polowały na dzikie zwierzęta i pozostawiły świadectwo swojego istnienia w postaci kamiennych narzędzi. W okresie neolitu około 10 tys. lat temu prehistoryczni łowcy tworzyli malowidła naskalne, które w wielu miejscach zachowały się do dziś.