W latach 90. rozwinięto reklamę wyrobów poprzez spoty w radiu i telewizji, wydawnictwa katalogowe, torby, nalepki, plansze reklamowe oraz zainwestowano w promocję poprzez sport. W latach 1993–1998 „Jutrzenka” stała się strategicznym sponsorem żużlowców Polonii Bydgoszcz, którzy kilkukrotnie uzyskali tytuł drużynowego mistrza Polski.
W 2001 członkiem rady nadzorczej spółki został Jan Kolański, właściciel założonego w 1990 Ziołopexu w Piątku Wielkim koło Kalisza. Na przełomie lat 2003 i 2004 został on właścicielem większościowego pakietu akcji Jutrzenki S.A. oraz jej prezesemO Grupie . W 2004 bydgoska Jutrzenka wykupiła od koncernu Nestlé markę Goplana oraz fabrykę w Poznaniu (zał. 1912), a w 2005 Fabrykę Pieczywa Cukierniczego Kaliszanka (zał. 1892) z marką wafli „Grześki”. Z kolei w 2007 własnością Jutrzenki S.A. stała się marka napoi Hellena z fabryką w Opatówku koło Kalisza.