Sytuacja w obozie Partii Federalistycznej była znacznie gorsza niż u republikanów – po śmierci ich lidera, Alexandra Hamiltona, który zginął w pojedynku z Aaronem Burrem, stronnictwo wystawiło kandydaturę Charlesa Pinckneya i Rufusa Kinga. Jednak popularność Jeffersona była tak duża, że kampania propagandowa była niepotrzebna.
Kandydaci Demokratyczni Republikanie
Federaliści
Przebieg głosowania Głosowanie powszechne odbyło się w dniach 2 – 9 listopada 1804 i wzięło w nim udział 143 tys. osób. Jefferson uzyskał ok. 72,8% poparcia, wobec 27,2% Pinckneya. W głosowaniu Kolegium Elektorów (zatwierdzonym 13 lutego 1805) Thomas Jefferson zdobył 162 głosy, przy 89 wymaganych do zwycięstwa. Jego kontrkandydat, Charles Pinckney zdobył 14 głosów. W głosowaniu na wiceprezydenta George Clinton pokonał Rufusa Kinga identycznym stosunkiem głosów. Duet Jefferson-Clinton odniósł znaczne zwycięstwo, pokonując swoich rywali we wszystkich stanach, z wyjątkiem Delaware i Connecticut.