Gra kończy się cliffhangerem, gdy Walter w towarzystwie uzbrojonych ochroniarzy zaskakuje XIII w swoim prywatnym biurze.
Rozgrywka XIII to strzelanka obserwowana z perspektywy pierwszej osoby z elementami skradania się i gry akcji. Gra koncentruje się na głównym bohaterze o pseudonimie XIII. Bohater używa różnorodnej broni palnej i białej, a także gadżetów. Wytrychy służą do otwierania drzwi, a lina z hakiem do wspinania się po ścianach. Gra podzielona jest na liniowe etapy. Napotkane osoby mogą zostać wzięte jako zakładnicy lub jako ludzkie tarcze, uniemożliwiające wrogom ostrzeliwanie bohatera. XIII może usłyszeć wrogów za ścianą za pomocą widocznych na ekranie znaków „tap, tap, tap”. Misje skradankowe obejmują ogłuszanie wrogów i ukrywanie ciał.
Postacie i broń w XIII są cieniowane, co nadaje grze komiksowy wygląd. Dodatkowo przerywniki filmowe rysowane są w ramkach, a niektóre akcje np. wystrzał z bazooki wyświetlają na ekranie napisy „boom” czy „bang”. Wstawki w stylu komiksu pojawiają się u góry, gdy wykonywany jest strzał w głowę lub służą jako wskazówki dla gracza. W trakcie gry można znaleźć ukryte dokumenty, które odblokowują umiejętności takie jak używanie dwóch pistoletów naraz.