Tolerancja farmakologiczna (tolerancja na lek) – zjawisko polegające na zmniejszeniu odpowiedzi organizmu na określoną dawkę leku lub innej substancji biologicznie czynnej w następstwie jej powtarzanego lub długotrwałego stosowania. W wyniku rozwoju tolerancji ta sama dawka wywołuje słabszy efekt niż wcześniej, a do uzyskania efektu o podobnym nasileniu może być konieczne zastosowanie większej dawki.
Tolerancja jest formą adaptacji organizmu do działania substancji. Może dotyczyć zarówno jej działania terapeutycznego, jak i poszczególnych działań niepożądanych. Nie musi rozwijać się w jednakowym stopniu wobec wszystkich efektów danego leku – tolerancja na poszczególne działania tej samej substancji może rozwijać się z różną szybkością i mieć różne nasilenie.
Tolerancja może wynikać m.in. ze zmian farmakodynamicznych, powodujących zmniejszenie odpowiedzi komórek lub układów organizmu na substancję, zmian farmakokinetycznych, zmniejszających ilość substancji docierającej do miejsca działania, a w przypadku niektórych substancji działających na ośrodkowy układ nerwowy także z procesów uczenia się i adaptacji behawioralnej.