Organizmy reprezentowane przez najwyżej sięgające gałęzie na drzewie filogenetycznym to organizmy, które przetrwały do dziś.
Badania nad drzewem filogenetycznym By potwierdzić koncepcje drzewa filogenetycznego, liczono na wyniki analiz porównawczych sekwencji DNA, RNA i sekwencji białkowych różnych organizmów. Zakładano, że dwa gatunki są bardziej spokrewnione (tj. później rozdzieliły się od wspólnego przodka na drzewie filogenetycznym), im bardziej ich DNA, RNA i białka są do siebie podobne.
Pierwsze sekwencjonowane molekuły dotyczyły RNA znajdowanego w rybosomach. W latach 70 XX wieku zestawiano sekwencje roślin, zwierząt i mikroorganizmów. Biolodzy molekularni zaczęli rysować uniwersalne drzewo filogenetyczne. Pierwszym wynikiem badań było odkrycie nowej gałęzi na tym drzewie – archeonów, o których poprzednio sądzono, że są bakteriami. Na początku lat 90 XX wieku, stało się możliwe zestawianie genów archeonów i bakterii, a nie tylko samego RNA. Oczekiwano, że badania dotyczące porównania DNA dadzą wyniki podobne do badań opartych na RNA. W niektórych przypadkach to nastąpiło, w wielu przypadkach nie.