W poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc Bet Alfa miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. Od samego początku wojny okoliczne wioski były wykorzystywane przez arabskie milicje, które sparaliżowały żydowską komunikację w całym regionie. W dniu 1 kwietnia 1948 roku Arabowie ostrzelali kibuc z moździerzy. Gdy wezwani na pomoc brytyjscy żołnierze zbliżyli się do kibucu, napastnicy zbiegli we Wzgórza Gilboa. Z tego powodu, w dniu 12 maja 1948 roku siły żydowskiej Hagany zajęły sąsiednią wieś arabską As-Sachina. Jej mieszkańcy zostali wysiedleni, a następnie wyburzono wszystkie domy, aby w ten sposób uniemożliwić Arabom powrót. W wyniku I wojny izraelsko-arabskiej (1948–1949) cała okolica znalazła się w państwie Izrael, co umożliwiło dalszy stabilny rozwój kibucu Bet Alfa. Po wojnie, w północnej części kibucu utworzono Instytut Edukacyjny Gilboa, który pełnił funkcję szkoły średniej dla młodzieży z całej okolicy.