W styczniu 1946 Konopka habilitował się na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Poznańskiego w dziedzinie historii i filozofii medycyny, od 1954 był profesorem nadzwyczajnym. Przez dwanaście lat (do września 1966) kierował Katedrą i Zakładem Historii Medycyny Akademii Medycznej w Warszawie. Przez wiele lat redagował periodyk „Archiwum Historii Medycyny”, pełnił też obowiązki przewodniczącego Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Historii Medycyny (do 1971). Był członkiem Związku Bibliotekarzy Polskich oraz Towarzystwa Przyjaciół Książki. W latach powojennych kontynuował swoją pasję bibliofilską, gromadząc dzieła z historii medycyny (także dokumenty, rękopisy, listy, ryciny), dzieła nielekarskie napisane przez lekarzy, wydane za granicą druki o Polsce i Polakach, varsaviana, pamiętniki, opracowania bibliograficzne, publikacje i materiały związane z Jugosławią. Innym jego ulubionym zajęciem była praca w przydomowym ogródku. 20 czerwca 1963 otrzymał Nagrodę Marcia C. Noyesa (USA).
Dwukrotnie żonaty. Od 1921 był mężem Ireny z Urbanowskich, z którą miał córkę Danutę (ur. 1923), od 1933 jego żoną była Jadwiga Kula (1903–1995).
Zmarł 3 września 1982 w Warszawie.