Była to szczególnie ważna strategicznie pozycja, która umożliwiała atakowanie głównych szlaków komunikacyjnych przechodzących przez Dolinę Jezreel. Z tego powodu, od samego początku wojny we wsi stacjonowały siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej. Zmusiło to żydowską organizację paramilitarną Hagana do wzmocnienia swojej obecności w tym rejonie i chronienia konwojów jadących z zaopatrzeniem do żydowskich osiedli. Siły Palmach przeprowadziły w dniu 20 kwietnia 1948 roku nieudaną próbę zajęcia wioski. Po tym ataku z Zirin uciekły wszystkie kobiety i dzieci. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej, w dniu 28 maja 1948 roku izraelska armia rozpoczęła operację „Erez”, w trakcie której zajęto wieś Zirin. Mieszkańców wysiedlono, a większość domów wysadzono.
W dniu 20 sierpnia 1948 roku w ocalałych domach wioski Zirin zamieszkali żołnierze jednostki Palmach. Utworzyli oni w ten sposób nowy kibuc, nazwany od sąsiedniego stanowiska archeologicznego Jizre’el. W 1950 roku przenieśli się do dzisiejszej lokalizacji kibucu (kilkaset metrów na zachód od pierwotnego miejsca). W nowym miejscu były dużo trudniejsze warunki życia, gdyż pionierzy musieli mieszkać w namiotach i prymitywnych szałasach.