Karę odbywał w Mirovie, Leopoldovie i zamienionym na ciężkie więzienie klasztorze kartuzów w Valdicach.
W kwietniu 1962 na mocy amnestii został zwolniony. W latach 1962–1965 pracował jako robotnik w mleczarni w Opočnie. Po interwencji papieża Jana XXIII wrócił do pracy duszpasterskiej. Mógł pracować tylko jako proboszcz poza swoją diecezją. W okresie od 16 listopada 1956 do 21 grudnia 1989 był administratorem diecezji hradeckiej. Karel Otčenášek miał zakaz przebywania na terenie swojej diecezji. W tej sytuacji zarządzali nią wikariusze kapitulni Václav Javůrek (od 16 listopada 1956 do 1 sierpnia 1969) i a Karel Jonáš (od 28 sierpnia 1969 do 21 grudnia 1989).
Karel Otčenášek był administratorem parafii w Usti nad Łabą-Trmicach do 1968. W okresie praskiej wiosny powrócił do swojej diecezji i został administratorem parafii w Plotištích i w Lochenicach. 30 lipca 1968 został zrehabilitowany. W okresie tzw. normalizacji musiał powrócić do Trmic.
Po upadku komunizmu, 21 grudnia 1989 został mianowany biskupem hradeckim. Starał się o odnowę życia religijnego w diecezji. Wyremontował odzyskany pałac biskupi, stworzył biskupie gimnazjum i erygował kapitułę w Litomyśli. 6 czerwca 1998 złożył rezygnację, która została przyjęta.