W dniu 15 kwietnia 1963 roku nastąpiło założenie wsi, którą nazwano Nes Ammim. Nazwa wsi została zaczerpnięta z biblijnego wersetu z Księgi Izajasza 11,10: „Owego dnia to się stanie: Korzeń Jessego stać będzie na znak dla narodów. Do niego ludy przyjdą po radę, i sławne będzie miejsce jego spoczynku” (BT).
W latach 1963–1978 grupa holenderskich specjalistów technicznych pomogła wybudować szklarnie, zakładając hodowlę kwiatów przeznaczonych głównie na eksport. Przez wiele lat były one głównym źródłem dochodów wsi. Od połowy lat 70. XX wieku osada coraz częściej gościła grupy chrześcijańskich pielgrzymów przyjeżdżających do Ziemi Świętej. Do obsługi rosnącego ruchu turystycznego wybudowano pensjonat oraz schronisko młodzieżowe. Od lat 70. rząd Niemiec zezwala osobom odbywającym zastępczą służbę wojskową na pobyt i pracę w Nes Ammim. Wybuch w 1987 roku palestyńskiego powstania Intifady, a następnie w 2000 roku intifady Al-Aksa, doprowadziły do załamania się chrześcijańskiej turystyki, a w rezultacie zmniejszenia populacji wsi. Od tego czasu, jej mieszkańcy dodali do swojej działalności dążenie do pojednania izraelsko-arabskiego.