Pod koniec lat 90. wziął udział w debacie wokół niemieckiej wystawy „Wojna wyniszczająca. Zbrodnie Wehrmachtu 1941–1944”. Opublikował wówczas głośny artykuł naukowy, w którym wykazał, że kilka z prezentowanych fotografii przedstawia ofiary NKWD z czerwca 1941Bogdan Musial, Bilder einer Ausstellung: Kritische Anmerkungen zur Wanderausstellung „Vernichtungskrieg. Verbrechen der Wehrmacht 1941 bis 1944”: Vierteljahreshefte für Zeitgeschichte, 47 (1999), s. 563–591.. W latach 1999–2004 pracował w Niemieckim Instytucie Historycznym w Warszawie. Habilitację uzyskał na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie w 2005, w latach 2007–2010 był pracownikiem Biura Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej.
W latach 2010–2015 był profesorem nadzwyczajnym na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego i kierował katedrą Studiów nad Europą Środkową i Wschodnią. Od 2018 do 2022 członek Rady przy Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku.