W 1917 Wydział Inżynierii Rolnej został przekształcony w Wydział Inżynierii Wodnej. Zmiana ta wynikała z potrzeby kształcenia inżynierów przygotowanych nie tylko do prac melioracyjnych, lecz także do szerszych zadań hydrotechnicznych. Wydział prowadził studia w dwóch głównych specjalnościach: Budownictwo Wodne oraz Melioracje Rolne, a studia trwały cztery lata. Specjalność Budownictwa Wodnego wspierały m.in. Katedra Wodociągów i Kanalizacji oraz dwie Katedry Budownictwa Wodnego.
W okresie międzywojennym Wydział Inżynierii Wodnej stał się jednym z głównych ośrodków kształcenia hydrotechników w Polsce. Z wydziałem związani byli m.in. prof. Antoni Ponikowski, prof. Karol Pomianowski, prof. Mieczysław Rybczyński, prof. Czesław Skotnicki, prof. Ignacy Radziszewski i prof. Kazimierz Wóycicki. Ich działalność przyczyniła się do rozwoju tzw. warszawskiej szkoły budownictwa wodnego, obejmującej kompleksowe podejście do gospodarki wodnej, regulacji rzek, energetyki wodnej, zapór i zbiorników.
W latach 1925–1926 przy Katedrze Budownictwa Wodnego II powstało pierwsze w Polsce Laboratorium Wodne, zorganizowane dzięki staraniom prof. Mieczysława Rybczyńskiego. Laboratorium prowadziło badania modelowe i eksperymentalne na potrzeby gospodarki wodnej, m.in.