Wtedy zatrudniono Shepherda.
Soundgarden (1990-1997, 2010-obecnie) Oprócz roli basisty, Shepherd coraz częściej przyjmował na siebie obowiązki wokalisty i twórcy tekstów. Jeśli chodzi o pierwszy studyjny album zespołu na którym wziął udział, Badmotorfinger, Shepherd współtworzył następujące utwory: "Slaves & Bulldozers" (współtwórca muzyki), "Jesus Christ Pose" (współtwórca muzyki), "Face Pollution" (muzyka) oraz "Somewhere" (muzyka i słowa).
W roku 1994 zespół Soundgarden wydał album Superunknown, na którym pojawiły się utwory Shepherda – "Half" oraz "Head Down". "Head Down" wykazywał wpływy Beatlesów, natomiast "Half" miał indyjski charakter oraz był pierwszym z utworów zespołu, w którym Shepherd zaśpiewał partię pierwszego głosu. W 1996 pojawił się album Down on the Upside, na którym pojawiło się sześć kompozycji Shepherda – "Zero Chance" (muzyka), "Dusty" (muzyka), "Ty Cobb " (muzyka), "Never Named" (muzyka) "Switch Opens" (muzyka) oraz "An Unkind" (muzyka i słowa). Wraz z reaktywacją Soundgarden w 2010 roku, Ben Shepherd ponownie dołączył do zespołu.W 2010 roku, niepublikowany dotąd utwór "Black Rain" miał swoją ogólnoświatową premierę.