Fabuła Akcja rozgrywa się kilka miesięcy po zakończeniu pierwszej części. Morfeusz, Trinity i Neo idą na spotkanie z innymi kapitanami, na którym dowiadują się, że maszyny kopią tunel, by dostać się do ostatniego bastionu ludzkości – Syjonu. Morfeusz postanawia, że jeden statek zostanie, by czekać na kontakt z Wyrocznią, a reszta wróci zgodnie z rozkazem do Syjonu. Na tym też spotkaniu Neo dostaje przesyłkę od Smitha (który nie funkcjonuje już jako agent i po pierwszej części nie używa już tego tytułu), która jest symbolem „wolności”. Tymczasem w Syjonie dochodzi do wielkiego zgromadzenia, na którym przemawia Morfeusz. Oznajmia prawdę o zagrożeniu ze strony maszyn, jednak jego przemowa sprawia, że ludzie mają nadzieję na ocalenie. Po krótkim czasie Neo otrzymuje przesyłkę od Wyroczni, nakłaniającą do spotkania. Gdy Wybraniec rozmawia z Wyrocznią, ta mówi mu, że musi odnaleźć źródło Matriksa. Potrzebny jest do tego Klucznik. Gdy Wyrocznia odchodzi, pojawia się Smith ze swoimi klonami i informuje o połączeniu między bohaterami – Neo i byłym Agentem. Widowiskowa walka kończy się wraz z momentem ucieczki głównego bohatera trylogii.