W Hiszpanii był traktowany jako zawodnik spoza limitu obcokrajowców, ponieważ miał włoski paszport.
W czerwcu 2008 roku ostatecznie rozstał się z Valencią i wkrótce przeniósł się do Panioniosu GSS, gdzie zaliczył udany pierwszy sezon w greckiej Super League. W 2010 roku, mając 28 lat, wrócił na zasadzie wypożyczenia do Peñarolu, a rok później transfer został sfinalizowany na stałe.
W styczniu 2015 roku podpisał kontrakt z Al-Nassr FC, występującym w Saudi Professional League. 5 maja, po porażce jego zespołu 1:3 u siebie z Lekhwiya SC w Lidze Mistrzów AFC, zaatakował od tyłu zawodnika rywali Nama Tae-hee w tunelu stadionowym, za co został ukarany grzywną w wysokości 50% swojej pensji.
Po zakończeniu kariery w grudniu 2024 roku, w wieku 42 lat, Estoyanoff, który miał za sobą pięć okresów gry w Peñarolu, zdobył z tym klubem cztery mistrzostwa Urugwaju i dotarł do finału Copa Libertadores w 2011 roku, został dyrektorem sportowym swojego ostatniego klubu Fénix.
Kariera reprezentacyjna Estoyanoff gra w drużynie narodowej Urugwaju od 2001 roku. Ma w swoim kadrowym dorobku brązowy medal Copa America 2004.