Z okazji trzechsetnej rocznicy powstania klasztoru w 1755, opat Bernhard Schütz zlecił przebudowę kościoła w duchu rokoko malarzowi dworskiemu z Monachium Johannowi Zimmermannowi (1680-1758), który sporządził plany prac i nadzorował całe przedsięwzięcie. Ponadto osobiście wykonał m.in. sztukaterie sufitowe, ścienne i kolumnowe oraz freski na sufitach w nawie głównej, nawach bocznych i zakrystii.
Obok Zimmermanna nad wystrojem kościoła pracowali również: rzeźbiarz dworski Johann Baptist Straub (1704–1784), rzeźbiarze szkoły weilheimskiej Franz Xaver Schmädl (1705–1777) i Hans Degler, (ok. 1570–1634/35), malarz dworski Johann Andreas Wolff (1652–1716), malarz Elias Greiter Młodszy (1595–1641/42) oraz złotnik monachijski Johann Michael Roth (zm. ok. 1763). Rokokowe wnętrza zachowały się po dziś dzień.
XIX–XX wiek W procesie sekularyzacji w 1803 klasztor Andechs został rozwiązany. W 1846 król Bawarii Ludwik I Wittelsbach nabył Andechs a w 1850 przekazał go założonemu wcześniej klasztorowi benedyktyńskiemu św. Bonifacego w Monachium.
W 1929 wrocławski kardynał Adolf Bertram przekazał klasztorowi relikwie św. Jadwigi.