My chcemy ratować ludzką godność.

Podczas wojny polscy przyjaciele często proponowali mu, aby nie wracał do dzielnicy zamkniętej i ukrył się po stronie aryjskiej, jednak zawsze odmawiał.

Po wybuchu powstania w getcie 19 kwietnia 1943 Wilner wraz z dowodzoną przez siebie grupą bojowców walczył na terenie getta centralnego, w rejonie ulic: Zamenhofa, Miłej i Franciszkańskiej. 8 maja 1943, po odkryciu przez Niemców bunkra przy ul. Miłej 18, gdzie mieściła się kwatera główna ŻOB, razem z innymi bojowcami popełnił samobójstwo.

Według relacji obecnej w bunkrze Tosi Altman, przekazanej po wyjściu garstki bojowców, wyprowadzonych kanałami przez Szymona Ratajzera ps. „Kazik” 10 maja 1943 na ul. Prostej 51, to właśnie Arie Wilner miał krzyknąć – Bojowcy, strzelajcie do siebie. Ostatnia kula nam się należy. Nie wpadniemy żywi w ręce Niemców!. Wraz z innymi bojowcami ŻOB spoczywa w zbiorowym grobie w zasypanym bunkrze przy ul.