Phoenix broni Lany Skye, która twierdzi, że zamordowała detektywa Bruce’a Goodmana. Dzięki naukowym umiejętnościom jej młodszej siostry Emy, które pozwalają znaleźć dodatkowe dowody, a także niespodziewanej pomocy Milesa w trakcie procesu Phoenix odkrywa, że Lana była szantażowana przez szefa policji Damona Ganta. Miała się przyznać do zabójstwa, które, jak błędnie myślała, popełniła Ema kilka lat wcześniej w tzw. incydencie SL-9 (inna nazwa używana w grze przez cywilów to „The Joe Darke Killings”), podczas gdy w rzeczywistości Damon sam je popełnił w pokoju przesłuchań i próbował obwinić Emę.
Postacie W celu przystosowania gry do nowych realiów i miejsca akcji bohaterom nadano nowe nazwiska, których charakter różni się znacząco od oryginalnych wersji z Gyakuten Saiban: Yomigaeru Gyakuten. Poniżej postacie przedstawione są poprzez obie odmiany nazwisk – angielskie jako główne (powszechnie używane także w Polsce) oraz japoński oryginał.