Jako biskup w latach 1791–1803 zwołał 12 synodów diecezjalnych, troszczył się o podniesienie poziomu intelektualnego duchowieństwa i zabezpieczenie materialne diecezji. W sporach między duchowieństwem świeckim i zakonnym opowiadał się zwykle po stronie bazylianów, obsadzając nimi większość stanowisk w konsystorzu i w seminarium duchownym. Przy seminarium zorganizował drukarnię.
W ostatnich latach istnienia Rzeczypospolitej Ważyński angażował się w życie polityczne Polski. Był gorącym zwolennikiem reform Sejmu Czteroletniego i Konstytucji 3 maja. Po wybuchu powstania kościuszkowskiego 6 kwietnia 1794 r. przewodniczył zjazdowi mieszkańców ziemi chełmskiej, który uchwalił Przystąpienie do aktu powstania narodu obywateli województwa ruskiego, ziemi chełmskiej i powiatu krasnostawskiego 16 kwietnia 1794 r. wybrany został Naczelnikiem Komisji Porządkowej Ziemi Chełmskiej – lokalnego organu cywilnej władzy powstańczej. Był zaufanym biskupem naczelnika Tadeusza Kościuszki, z którym spotkał się w Chełmie 11 lipca 1791 r. Po klęsce wojsk kościuszkowskich pod Chełmem (8 czerwca 1794), schronił się w Galicji, wywożąc przed Rosjanami zebrane na cele powstania ofiary obywateli ziemi chełmskiej (które zdołał stamtąd przekazać do powstańczej Warszawy).