W 1643, Kasjusz i Florencjusz zostali oficjalnie uznani za patronów Bonn. Zabytkowa późnoromańska substancja katedry była narażona na zniszczenia; w 1583–89 i w 1689, oraz w okresie II wojny światowej, kiedy została zbombardowana przez siły RAF-u. Odbudowy i konserwacje świątyni (ostatnia w latach 50. XX wieku) przywróciły świątyni dawną świetność. W 1956, papież Pius XII nadał katedrze status bazyliki mniejszej.

Papież Jan Paweł II dwukrotnie wizytował bońską katedrę (1980 i 1983).

Miejsce koronacji władców Niemiec W katedrze odbyły się dwie koronacje władców Niemiec, lecz te wydarzenia weszły do historii jako część sporu dynastycznego pomiędzy ubiegającymi się o koronę Rzeszy możnowładcami wywodzącymi się z trzech dynastii Habsburgów, Luksemburgów oraz Wittelsbachów.

Arcybiskup koloński Henryk z Virneburga koronował 25 listopada 1314 Fryderyka III Habsburga (zwanego Pięknym) jako króla Niemiec. Był jednak antykrólem 1314–1325, Ludwika IV Bawarskiego, który koronował się wcześniej na monarchę w Akwizgranie. W latach 1325–1330 był koregentem Wittelsbacha.