Przewidywano również, że powstaną również inne wersje samolotu dostosowane do celów transportowych, transportu sanitarnego, aerofotogrametrii i innych zadań gospodarczych.
W grudniu 1957 roku prace zostały przeniesione z Instytutu Lotnictwa do nowo utworzonego Ośrodka Konstrukcji Lotniczych WSK-Okęcie, gdzie w latach 1958–1959 opracowano projekt samolotu. Zakładano również, że MD-12 będzie studium wstępnym do zbudowania w Polsce samolotu o napędzie turbośmigłowym.
Pierwszy prototyp thumb|left|Pierwszy prototyp samolotu PZL MD-12 Pierwszy prototyp został zbudowany do prób statycznych, które ukończono w marcu 1959 roku. Samolot został wyposażony w silniki WN-3B. Oblot został wykonany 21 lipca 1959 roku przez Andrzeja Abłamowicza i Aleksandra Wąsowicza, samolot otrzymał znaki rejestracyjne SP-PAL. Data oblotu została wybrana ze względów propagandowych, pozwoliła zakładom PZL na złożenie 22 lipca władzom państwowym i partyjnym meldunku o spektakularnym osiągnięciu. Próby zostały zakończone oficjalnie 29 września 1959 roku po wykonaniu 15 lotów w czasie 10 godz. 05 min, ale już 6 września 1959 roku samolot został oficjalnie zaprezentowany w locie nad Stadionem Dziesięciolecia podczas Dożynek Centralnych.