Jako misjonarz podjął pracę wśród trędowatych na Madagaskarze, co wymagało wielu wysiłków. Leprozorium w Ambahivorace składało się z 4 budynków, w których 150 chorych pozbawionych opieki medycznej wegetowało w skrajnej nędzy, niekiedy umierając częściej z głodu niż z powodu samej choroby: "Katolicy i poganie, mężczyźni, kobiety, dzieci, stłoczeni razem, jak zwierzęta". Beyzym podjął ciężką i rozpaczliwą pracę, chcąc poprawić stan zdrowia i morale chorych, a także zwalczyć ich stygmatyzację społeczną.
Postanowiwszy wybudować w Maranie szpital dla 200 chorych, przedłożył jego projekt zwierzchnikom. Koszt projektu wynosił 30 tysięcy franków, na co misja jezuicka nie miała funduszy, więc Beyzym rozpoczął szeroko zakrojoną kampanię listowną, prosząc rodaków z Polski, Austrii i Niemiec o datki, i do końca 1900 roku zebrał 25 tysięcy franków.