do miasta napływają liczni innowiercy, głównie włoscy i francuscy, dzięki którym rozwija się rzemiosło i handel. Odwołanie edyktu nantejskiego powoduje napływ kolejnej fali uciekinierów z Francji.
Przez cały XVI wiek książęta Sabaudii nie chcą rezygnować z utraty Genewy – naturalnej stolicy ich włości nad Rodanem i Jeziorem Genewskim. Miasto broni się przed tymi zakusami dzięki pomocy sprzymierzonych kantonów, zwłaszcza Berna. Ostatnią próbą zdobycia miasta przez księcia Karola Emanuela był niespodziewany, nocny atak wojsk sabaudzkich na mury Genewy 12 grudnia 1602, odparty dzięki bohaterskiej obronie mieszkańców. Pamiątka tej l'Escalade (fr. escalade – wspinaczka) jest do dziś jednym z najważniejszych świąt w Genewie.
W XVIII wieku Genewa stała się jednym z bogatszych miast Europy, głównie dzięki rozwojowi banków. Genewscy bankierzy współpracowali z wszystkimi ważniejszymi ośrodkami handlowymi Europy. Szczególne wpływy mieli we Francji, gdzie kredytowali zarówno królów, jak i prześladowanych przez nich protestantów, a Jacques Necker w ostatnich latach przed wybuchem rewolucji francuskiej był ministrem króla Ludwika XVI. Utrzymywały się tradycje handlowe: kupcy genewscy posiadali swe przedstawicielstwa w Holandii, Francji, Italii, a także na Bliskim Wschodzie, m.in. w Konstantynopolu.