W szkole podstawowej był wyróżniającym się uczniem, szczególnie w matematyce i innych naukach ścisłych. W wieku 13 lat rozpoczął naukę w Lakeside School, ekskluzywnym prywatnym liceum w Seattle. Kiedy był w ósmej klasie, matki uczniów z Lakeside za pieniądze uzyskane z urządzonej wyprzedaży staroci kupiły terminal ASR-33 i zarezerwowały czas dostępu do komputera należącego do General Electric. Gates zainteresował się programowaniem w BASICu na tym komputerze i aby móc poświęcić temu więcej czasu, został zwolniony z zajęć matematyki. Gdy dofinansowanie Mothers Club wyczerpało się, Gates wraz z innymi uczniami zaczęli poszukiwać czasowego dostępu do innych systemów, m.in. na minikomputerach DEC PDP. Jednym z takich komputerów był PDP-10 należący do (CCC), do którego uczniom Lakeside zabroniono dostępu, kiedy złapano ich na wykorzystywaniu błędów w systemie operacyjnym, aby uzyskać bezpłatny czas komputerowy.