Pod koniec 1976 roku firma Microsoft uniezależniła się od MITS i w dalszym ciągu zajmowała się produkcją narzędzi programistycznych na różne systemy operacyjne.
W pierwszych latach istnienia Microsoftu wszyscy pracownicy mieli znaczny wpływ na działalność firmy. Gates zajmował się biznesową stroną działalności firmy, ale także nadal programował. Przez pierwsze pięć lat osobiście sprawdzał każdą linijkę kodu stworzoną przez firmę i często dokonywał w nim zmian, jeśli tylko uważał to za stosowneGates, Bill. Remarks by Bill Gates Waterloo, Ontario (2005-10-13)..
Partnerstwo z IBM W 1980 IBM zwrócił się do Microsoftu z propozycją napisania interpretera BASICa dla planowanego komputera osobistego – IBM PC. Gdy przedstawiciele IBM wspomnieli, że poszukują także systemu operacyjnego, Gates skierował ich do firmy Digital Research (DRI), twórców szeroko stosowanego systemu operacyjnego CP/M. Negocjacje IBM z Digital Research przebiegały opornie i ostatecznie nie osiągnięto porozumienia licencyjnego. Przedstawiciel IBM Jack Sams wspomniał o tym podczas następnego spotkania z Gatesem i polecił mu stworzenie akceptowalnego systemu operacyjnego. Gates postanowił wykorzystać 86-DOS, podobny do CP/M system operacyjny, stworzony przez z firmy i przeznaczony do sprzętu komputerowego podobnego do PC. Microsoft wykupił za 50 tys.