4 marca 1363 r. po upływie terminu stawienia się w Awinionie, Bernabò został ogłoszony przez papieża Urbana V heretykiem, schizmatykiem i wyklętym z Kościoła, a co za tym idzie pozbawionym wszystkich praw. Sentencję tę rozciągnięto również na jego synów. Miesiąc później poniósł klęskę w bitwie, a jego syn Ambroży został uwięziony. Zgodnie z ustaleniami pokoju z 13 marca 1364 r. Bernabò musi opuścić Bolonię w zamian za 500 000 florenów. 28 marca 1373 r. Bernabò i Galeazzo II ponownie zostają oskarżeni o herezję i potępieni przez Kościół.
W latach 1377–1379 sprzymierzył się z Wenecją przeciwko Genui, ale został pobity przez siły genueńskie. W polityce wewnętrznej ciągle dążył do przejęcia pełnej władzy nad państwem. Był tego bliski po śmierci brata - Galeazzo II, ale ten sam cel postawił sobie jego bratanek Gian Galeazzo, który od czasu choroby ojca praktycznie kierował jego częścią państwa. Widząc, że stryj chce umocnić swoją władzę poprzez małżeństwo córki Łucji z Ludwikiem II Andegaweńskim, uwięził go wraz z synami Ludovico i Rodolfo w Castello di Porta Nuova. Następnie przeniósł go do Trezzo. 19 grudnia 1385 r. Bernabò zostaje zgładzony, prawdopodobnie otruty.