Układ nerwowy zbudowany jest bardzo prosto. Składa się ze zwoju w lejku gębowym i pary nerwów przebiegających wzdłuż tułowia. Lejkogębce nie mają wyspecjalizowanych narządów zmysłów.
Nie występują układy: krwionośny, wydalniczy i oddechowy. Postać troficzna nie posiada również układu rozrodczego.
Wolna od organów przestrzeń tułowia wypełniona jest komórkami niezróżnicowanymi (brak więc jamy ciała). Z komórek tych co pewien czas tworzą się zawiązki nowych narządów wewnętrznych, które - w miarę wzrostu - wypychają dotychczasowe ku górze i ostatecznie wyrzucają na zewnątrz organizmu. Konieczność takiej okresowej wymiany wynika najprawdopodobniej z braku układu wydalniczego - komórki poszczególnych układów magazynują szkodliwe substancje i dlatego muszą zostać usunięte zanim nastąpi zatrucie.