Nishikata nie pojawił się ani razu w zawodach PŚ w sezonie 1996/1997. W sezonie 1997/1998 wystąpił tylko w konkursie w Sapporo 5 lutego 1998, jednak udział zakończył już w pierwszej serii. W sezonie 1998/1999 wystartował w czterech konkursach, punktując tylko raz – 24 stycznia 1999 w Sapporo zajął 26. miejsce. W klasyfikacji generalnej tego sezonu zajął 91. miejsce z dorobkiem pięciu punktów. Startował sporadycznie w sezonach 1999/2000 i 2000/2001, ale punktów już nie zdobył. Po zakończeniu sezonu 2000/2001 postanowił zakończyć karierę.
Igrzyska olimpijskie Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurs Wynik Strata Zwycięzca8.20 lutego1994 LillehammerSkocznia duża indywidualnie218.3 pkt-56.2 pkt Jens Weißflog2.15px22 lutego1994 LillehammerSkocznia duża drużynowoSkład zespołu: Jin’ya Nishikata, Takanobu Okabe, Noriaki Kasai, Masahiko Harada956.9 pkt-13.2 pkt 8.25 lutego1994 LillehammerSkocznia normalna indywidualnie253.0 pkt -29.0 pkt Espen Bredesen