W 1939 roku zgodnie z przydziałem mobilizacyjnym, po ogłoszeniu mobilizacji powszechnej, miał objąć stanowisko dowódcy piechoty dywizyjnej rezerwowej 44 Dywizji Piechoty. Stanowiska tego ostatecznie nie objął i kampanię wrześniową odbył na czele 10 pułku piechoty, z którym walczył w bitwie nad Bzurą. Po rozbiciu pułku trafił do niemieckiej niewoli, z której został wyzwolony w dniu 6 kwietnia 1945 r. przez wojska brytyjskie. Po wyzwoleniu przebywał we Francji i Wielkiej Brytanii. Latem 1947 roku powrócił do Polski i zamieszkał we Włocławku. Podjął pracę w Automobilklubie Polskim, z którego został zwolniony wskutek represji. Dłuższy czas pozostawał bez zatrudnienia, następnie pracował w „Bacutilu” w Świdnicy.
Pułkownik Marian Krudowski w toku swej służby w 10 pułku piechoty zyskał sobie duże uznanie i sympatię społeczeństwa łowickiego.
Zmarł nagle we Wrocławiu w dniu 4 sierpnia 1953 r. i pochowany został w grobowcu rodziny Bukowieckich na Cmentarzu Katedralnym w Łowiczu (sektor 2 grób 3994).
Życie prywatne Spośród jego ośmiorga rodzeństwa dwaj bracia, Jan i Stefan Marceli, zostali zamordowani w Katyniu, a Józef w Auschwitz.
W 1915 roku ożenił się z Janiną Zofią z Brzósków (1896–1955) – krewną ks.