Już po rozpoczęciu sezonu 1997/1998 Møller wyjechał do Holandii i występował w tamtejszym PSV Eindhoven. Tam był rezerwowym dla Arnolda Brugginka oraz Belgów Luca Nilisa i Gilles'a De Bilde, toteż zdobył tylko 6 goli w Eredivisie. Został wicemistrzem Holandii.
W 1998 roku po roku gry w PSV Møller został piłkarzem hiszpańskiego Realu Oviedo. 20 września zadebiutował w Primera División w przegranym 0:1 domowym spotkaniu z CD Tenerife. Przez cały sezon zaliczył tylko jedno trafienie, a na początku 2000 roku został wypożyczony do Brøndby. Po raz kolejny wywalczył mistrzostwo kraju, a latem odszedł na wypożyczenie do Fulham F.C., grającego w angielskiej Division One. Nieznacznie przyczynił się do awansu klubu do Premiership, a sezon 2000/2001 kończył w Oviedo.
Latem 2001 Peter wrócił do Danii. Ponownie został zawodnikiem FC København. W 2002 roku wywalczył wicemistrzostwo kraju, a w 2003 - mistrzostwo. W 2004 roku sięgnął z Kopenhagą po dublet, w 2005 zajął 2. miejsce, a w 2006 po raz ostatni po tytuł mistrzowski.