Kolejny raz na podium pojawił się w ostatnim wyścigu wakacji przegrywając ponownie z Hiszpanem. Taka sytuacja utrzymywała się jeszcze przez dwa wyścigi. Wtedy Mika przełamał passę i wygrał, choć tylko o 0,185 sekundy. Do końca sezonu Fin utrzymywał się na podium, będąc trzecim w Portugalii oraz drugi w Walencji.
2007 - 7. miejsce w 250 cm³ W 2007 roku Fin przeniósł się do 250 cm³. Dwa pierwsze starty nie były dobre. W obydwu Mika nie dojechał do mety. Następnie były trzy wyścigi w czołowej dziesiątce i ponowny nie sklasyfikowany wyścig. Kolejne trzy nie przyniosły większej zmiany. Miejsca w drugiej połowie pierwszej dziesiątki nie były najlepsze, ale znowu zbliżał się wyścig o GP Niemiec, które zawsze zawodnikowi z KTMu wychodziło. I tym razem nie było inaczej. Zwycięzcą został Hiroshi Aoyama, a tuż za nim był Kallio tracąc tylko 0,119 sekundy. Po miesięcznych startach motocyklistów, nadszedł wyścig w Czechach, gdzie znowu Fin znalazł się na podium, tym razem na jego najniższym stopniu. Następne dwa starty wyglądały tak jak początek sezonu. Wyścigi w San Marino i Portugalii zostały nie zakończone dojazdem na metę. Tydzień po wyścigu w Portugalii w Japonii Mika wygrał pierwszy raz w klasie 250. Było to drugie z rzędu zwycięstwo w Japonii, jednak tym razem przy wyższych obrotach maszyny.